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歷經飛彈危機
在1995年及1996年中國解放軍對台灣發起的2次飛彈危機中，F-CK-1更是成為台海防主力，分擔F-5E/F繁重的部份戰備任務，當時甚至傳出「IDF鎖定Su-27」的報導，在媒體及網路上引起廣泛討論；雖當時軍方否定此報導，但由1999年特殊國與國論引發的台海緊張情勢，在中國解放軍戰機頻頻試探海峽中線時，國防部要求我方飛行員「自制」的言論來看，此報導內容並非空穴來風。

1999年，李登輝總統的「特殊國與國論」(即兩國論)引起中國官方極度不滿，再度造成台海緊張情勢，空軍立刻抽調1個F-CK-1中隊(第28中隊)駐防澎湖，在每天繁重的戰備任務下，平均每天起降10批次(通常1批次為2架戰機)，並保持90%以上的裝備妥善率，因此贏得空軍高層的肯定。

後續改良
增加續航力一直是當時航發中心人員努力的方向，在飛機體型無法改變的情況下，為了讓F-CK-1能攜帶更多燃油，頗費苦心，除機身採用內置適形油箱外，還不斷進行「減重」，儘量空出攜帶燃油的空間，這也使F-CK-1的機身內部配置較一般戰機密實許多。

除體減重外，類似美國F-15E戰機進氣道兩旁的外置適形油箱，或以色列在F-16機背上加裝適形電子艙、油箱等，都是增加航程可行的方法，如發展F-CK-1使用的外置適形油箱，即可將副油箱的掛點改成武器掛架，如此火力及航程都能大增，但在發動機推力沒有增加的前提下，運動性能難免受到影響，因此任務性質必須改變，轉為對地、對海密接支援，或是搭配天劍二A反輻射飛彈，成為專職的野鼬機。而這些部份的改良構想，後來成為翔昇計畫並予以實現，關於翔昇計畫則另文敘述。

空軍在1996年與美國費爾查德防衛公司(Fairchild Defense)簽約，在飛機上加裝任務支援系統(MSE)及資料傳輸裝備(DTE)，使之擁有數位化地圖顯示能力，並可降低飛行員的任務負擔。

自1998年起，後期生產的F-CK-1開始配備APX-113(V)先進敵我識別系統(AIFF)，其外觀特色是機首位於座艙罩前面部位的4片垂直小天線，與我國空軍F-16A/B Block20相同配備；而先前出廠的戰機也都會趁返廠大修時加裝APX-113(V)。

最大識別範圍達185km的APX-113(V)對於發揮天劍二型飛彈的長射程，具相當重要的地位。原先裝備的APX-101只能被動回答戰管發出的IFF詢問訊號，本身無法主動發出IFF詢問訊號去判別敵我，因此需從戰管獲得敵我識別資訊。

配備具備詢問及答詢功能的APX-113(V)敵我識別系統後，F-CK-1可不靠戰管而獨自發出IFF詢問訊號，在視距外快速完成敵我識別作業；如被詢問者為配備相同系統的友機，還可獲得該機的位置及機號等相關資訊，如為敵機，甚至可利用APX-113(V)提供目標方位資訊，在不開啟雷達的狀況下，直接發射飛彈。