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準備「作戰」
參加紅旗演習的藍軍飛行員要在演習前數月開始準備，需要合格的低空飛行、武器操控與空中加油能力，地勤組員則需確認挑去參加紅旗演習的戰機連續2週不會產生重大故障。前往奈里斯空軍基地的戰機通常配置雙組飛行人員、1或2架預備機、軍需品、地勤人員、地勤裝備與預備配件。所有參演單位必須自給自足，紅旗演習的戰爭會不顧維修能力而持續下去，藍軍參演單位必須要確保自己的戰力不致中斷。

週而復始的紅旗演習，讓奈里斯空軍基地的設施持續不斷地承受約100架戰機和5000名人員作業。

參演部隊會在演習開始前的週末就抵達奈里斯空軍基地並接受包含基地方位、離到場作業與飛行限制等一般性簡報，空勤組員將進行前10架次的作戰任務熟飛。

第1天任務通常是熟悉性任務，空勤組員在奈里斯空軍基地的訓練空域中以150m或稍高的高度飛行。這些空中任務中或許會包含投擲炸彈，但此時還不會與紅軍的戰機遭遇。熟悉日的任務是紅旗演習中最輕鬆的，隨著演習日程的推進，任務難度與挑戰性則與日俱增。任務逐漸變為攻擊各種目標靶、反恐打擊、獵殺彈道飛彈機動發射載具或支援地面部隊等。在進行戰鬥搜救任務中，會有1名飛行員某日「遭敵軍擊落」，藍軍在接受命令後要計畫並執行戰鬥搜救任務。

紅旗的任務在414中隊前1天對參演單位下達任務指令後開始計畫，任務指令包含任務所有細節，譬如任務目標、防衛情報、進出目標航線、天氣預報與通訊頻率等。每天都有新任務與科目，譬如低空飛行、實彈與空中加油科目，而來自空中與地面抵抗強度越來越大、任務內容也越來越複雜。

任務指揮官每日皆由藍軍中遴選1名資深飛行員擔任，藍軍分別為許多分隊分配不同的目標或打擊任務。任務指揮官需制定較安全或容易反制敵軍防空系統的飛行路現，並利於達成任務。在1天的任務中，紅軍與藍軍的飛行員共同接受任務提示，記錄當日天氣與安全注意事項。接著藍軍飛行員就各自進行分組任務提示，同時地勤組員已開始準備戰機。在下午的任務之前，地勤與機務人員已忙了整個上午。作戰般的節奏讓參演的空、地勤組員接受如實戰般的洗禮。

戰役進行
所有紅旗演習的任務都在內華達測試與訓練空域(NTTR)進行，空域形狀看似倒三角形，而奈里斯空軍基地與拉斯維加斯則在南方三角形端上。內華達測試訓練空域包括內部機密區域(傳說中的51區)在內總面積達13000km2，紅旗演習也會由內華達測訓空域的北方與東方，延伸至猶他州的軍事區進行。

藍軍機群由奈里斯空軍基地起飛後就在東邊集結出發執行任務，在戰機經過空中加油後，便轉往西方奈里斯測訓區計畫的空域與高度執行打擊任務。紅軍戰機此時由西方進入接戰空域並進行防禦任務，而在命中目標後藍軍戰機可能掉頭由東邊脫離、或由西邊離開演習區域。此處的山區地形可供攻守雙方作為攻擊與防禦之用，進行極具挑戰性的超低空飛行。

紅軍則利用防空系統與戰機共同保衛「祖國」，而防禦模擬器包含固定與移動發射源，並逐日變換防禦陣地。模擬器包括防空飛彈雷達發射源、防空飛彈發射煙模擬器以模擬防空飛彈的發射狀元。藍軍戰機在數量上往往壓倒紅軍戰機，為彌補紅軍劣勢，紅軍戰機在遭“擊落”後可以繼續接戰。但藍軍遭紅軍擊落後就須立即退出戰場，由靶區西邊返航，紅軍也擁有空中加油機，故紅軍戰機可全程「伺候」藍軍的打擊任務。但為安全起見在藍軍戰機接近地面打擊目標5miles(約8km)內，紅軍戰機須脫離戰鬥區域。

奈里斯訓練區內包含超過50個真實目標，包括全尺寸並停放退役戰機的機場、防空飛彈陣地、載重車隊與戰甲車、碉堡與建築物模型，另外如火車或彈道飛彈發射載具則是機動的。紅旗演習允許參演者以實彈攻擊部分目標。剛開始的任務以藍色練習彈代替，但之後的任務多可利用實彈。對許多飛行員而言，紅旗演習是他們首次使用實彈飛行與作戰。